中国对知识产权的保护实行“双轨制”，即司法保护和行政保护并行，形成两条平行的保护途径。当权利人发现自身的知识产权被侵害时，可以结合具体情况选择适宜的保护方式，来实现制止侵权、维护自身合法权益的目的。本文简要介绍了司法保护和行政保护两种方式的特点和提起方式，并对如何选择适宜的保护方式提供了具体建议。
一、司法保护
知识产权的司法保护主要通过提起侵权诉讼来实现，知识产权侵权诉讼属于民事诉讼的一种，法院奉行“不告不理”的原则。当权利人发现侵权人的侵权行为时，可以通过向法院提交主体资格证明、权利证明、诉状和证据等来发起诉讼，法院在正式受理后，会向侵权人转送案件材料并责令其在一定期限内进行书面答复。接下来，法院通常会组织证据交换开庭、正式开庭，以便于双方充分发表意见，使法院可以充分地了解案情，并根据在案证据作出判决。
中国的法院分为四级：基层法院（县区级）、中级法院（市级）、高级法院（省级）和最高法院（国家级）。根据法律规定，民事诉讼是两审终审：当第一审法院作出判决后，不服判决的一方可以选择上诉，而二审法院作出判决后，该二审判决即是本案的终审判决。对于不同知识产权类型的案件，一审法院的级别也有所不同：商标案件和著作权案件案情相对简单，高级法院、中级法院和一些授权的基层法院均有权审理；对于专利案件，由于案情相对复杂（需要进行特征比对，往往涉及专业技术知识），只有高级法院、知识产权专门法院（北京知识产权法院、上海知识产权法院和广州知识产权法院，其中广州知识产权法院目前可以跨区管辖）和授权的中级法院有权审理一审的专利侵权案件。
同时，最高法院也在积极推进地方建立专门的知识产权法庭来实现跨区管辖。截止目前，最高人民法院已授权天津、长沙、西安、杭州、宁波、济南、青岛、福州、合肥、深圳、南京、苏州、武汉、成都、郑州、南昌等16个城市的中级人民法院设立专门的知识产权法庭，在相关区域内实行跨区管辖。
根据2018年10月26日全国人大常委会通过的《关于专利等知识产权案件诉讼程序若干问题的决定》，有关发明专利、实用新型专利、植物新品种、集成电路布图设计、技术秘密、计算机软件、垄断等专业技术性较强的知识产权民事案件的二审，将由最高人民法院直接审理，《决定》将于2019年1月1日起施行。
1.1司法保护的优势：
·终局性
法院在整个的国家法律体系中具有被动性和终局性的特点，与之相比，行政机关作出的决定是可诉的；
·震慑力强
一般社会公众对于法院的权威性比较信服，大部分的判决书也会向社会公众公开，被判侵权的相关公司的名誉会受到减损，能够实现很好的震慑效果；
·保护具有完整性
司法保护除了可以保护知识产权的财产权利，可以监督行政机关的行政执法，还可以对严重侵权知识产权构成犯罪的行为予以刑事制裁；
·判决金钱赔偿
法院在侵权判决中既包括对侵权人的永久禁令（停止生产、制造、销售和许诺销售等行为），也包括金钱赔偿。为了得出一个相对合理的判赔额，法院会结合案件的具体情况，并考虑权利人的损失和侵权人的获益等因素，最后作出包含具体判赔额的侵权判决，此处的判赔额也包含权利人为制止侵权行为所支出的合理开支，包括律师费、公证费等。
1.2 司法保护的劣势：
·诉讼周期长
知识产权案件相对比较复杂，因此与普通的民事诉讼相比，诉讼周期往往较长。商标侵权案件和著作权侵权案件的一审诉讼周期大概是6-9个月，而专利侵权案件的一审诉讼周期大概是6-12个月。对于某些复杂的专利侵权案件，加上无效程序及可能的确权行政诉讼，一个专利侵权案件能够最终尘埃落定往往需要几年的时间。
·维权成本高
权利人在立案时需要依据索赔额预先缴纳相应的诉讼费，同时也要承担调查取证的费用、出庭的差旅费和律师费等费用。此外，由于知识产权案件的侵权行为往往具有隐蔽性，很多案件中的证据较难获得，如申请诉前禁令、证据保全和财产保全时，还要提供相应的财产担保。
·举证责任重
知识产权证据具有无形性、技术复杂、难于辨识等特点，原告的举证责任较重，侵权行为的隐蔽性给权利人的维权造成了很大困难。
二、行政保护
除了司法保护以外，权利人另外一个维权途径是通过向有关的行政部门提起行政查处，由行政部门作出侵权判定和禁令。
《专利法》第60条、《商标法》第60条[1]和《著作权法》第48条分别规定了针对侵犯专利权、商标权和著作权的行政保护制度，其中知识产权局负责专利侵权案件、工商局负责商标侵权案件、版权局负责著作权侵权案件。对于三种类型的案件，法律都赋予了行政机关责令侵权人停止侵权的职权，其中对于侵权商标权和著作权的行为，特别规定了责令侵权人销毁模具和侵权产品的职权。
通常情况下，专利侵权案件由市级的知识产权局管辖，商标和著作权侵权案件由区县级的工商局和版权局分别管辖，但案件在区域内有重大影响（例如标的额较大），专利案件可以向省级、商标和著作权案件可以向市级的行政部门提交请求。权利人需要提交材料与司法保护大致相同：包括主体资格证明、权利证明、请求书、证据等。行政保护程序也存在开庭程序，但与司法保护不同的是，证据交换一般不单独开庭，而是在正式的开庭中一起完成。
2.1行政保护的优势：
· 周期短
行政保护的审限一般较短，通常在4-8个月左右，有利于权利人快速、及时地制止侵权行为。
· 行政机关的主动性
行政部门可以主动搜集证据。与司法保护不同，行政部门在行政保护程序中不止是一个中立的裁判者，也具有制止侵权行为、维护社会公共利益的行政责任。因此，当存在难以搜集的证据时，行政部门不会像法院一样要求权利人提供担保后才进行搜集，而是依职权采取更为主动的行为。
· 维权成本低
行政查处的维权成本较低。权利人在立案时无需缴纳诉讼费，在申请证据保全时也无需提供担保。
2.2 行政保护的劣势：
· 无赔偿
法律赋予了行政机关作出禁令的权力，而没有赋予行政部门作出责令侵权人赔偿的权力，但可以应当事人的请求，对赔偿数额进行调解。目前，法律有加大行政机关处理侵权案件的职权的趋势，在商标和著作权案件中，行政机关可能会责令销毁模具和复制品，作出行政处罚。例如在专利法第四次修改的送审稿中，增加了行政机关责令侵权方销毁侵权物品、模具并罚款的职权。
· 决定非终局
根据法律规定，任何一方不服行政部门作出的行政决定，均可以向法院提起行政诉讼。对于侵权人来讲，若得到了侵权成立的决定，往往会选择起诉，从而案件又回到了法院阶段，无形中增加了审理时间，不利于权利人及时有效地维权。
三、司法保护、行政保护如何选择？
在目前“双轨制”的保护模式下，权利人可以选择任意一种方式来维权，但为了更好地实现维权目的，权利人需要考虑下列因素来选择具体的路径：
3.1 权利人的维权目标
若权利人的维权目标仅在于制止侵权行为时，寻求行政保护是更好的选择；若权利人由于侵权行为遭受了巨大的经济损失，需要索取赔偿时，司法保护则是更好的选择。
3.2 涉案的知识产权类型
对于商标和著作权而言，侵权判定相对简单，结案周期较快，而且由于工商局和版权局每年会处理大量的案件，行政部门的审理经验更为丰富。对专利权，由于技术较为复杂，即便提起了行政查处，由于行政决定是可诉的，可能也需要进入司法程序才能够最终结案，因此权利人在专利案件中的优先选择是直接寻求司法保护。
3.3侵权证据的搜集难易程度
对于侵权证据容易搜集的情况，权利人可以在公证后寻求司法保护。对于证据难以搜集的情况，权利人可以优先选择行政保护，如前文所述，行政部门可以主动地搜集证据，甚至能够深入侵权人的场所进行实地的考察。
注：
[1]根据2018年3月通过的国务院机构改革方案，重新组建国家知识产权局将负责商标、专利、原产地地理标志的注册登记和行政裁决，指导商标、专利执法工作等，商标、专利执法职责交由市场监管综合执法队伍承担。因此，将来的《专利法》《商标法》会进行相应修改以使专利和商标的行政保护统一由市场监管综合执法队伍负责，而目前仍然是由地方知识产权局和工商局分别负责。